Bioinformática
Bioinformática es el uso de las matemáticas y de las técnicas informáticas para resolver problemas biológicos, normalmente creando o usando programas informáticos, modelos matemáticos o ambos. Una de las principales aplicaciones de la bioinformática es la simulación, la minería de datos (data mining) y el análisis de los datos obtenidos en los proyectos genoma (Proyecto de Genoma Humano) o el proteoma. Otras aplicaciones son el alineamiento de secuencias, la predicción de estructuras proteicas y las redes metabólicas.
Bases de datos
Existen bases de datos primarias, que contienen información directa de la secuencia, estructura o patrón de expresión de ADN o proteína, y secundarias, que contienen datos derivados del análisis de las bases de datos primarias, como mutaciones, relaciones evolutivas, agrupación por familias o funciones, implicación en enfermedades, etc.
De nucleótidos
La colaboración de las tres bases de datos más importantes hace posible acceder a casi toda la información de secuencias de ADN desde cualquiera de sus tres sedes:
EMBL-BANK en el Instituto europeo de Bioinformática (EBI)
Enlace externo: EMBL-BANK (http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html)
DNA Data Bank of Japan (DDBJ) en el Centro de Información Biológica (CIB)
Enlace externo: DDBJ (http://www.ddbj.nig.ac.jp/)
GenBank en el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI)
Enlace externo: GenBank Entrez Nucleotide (http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide)
De proteínas
Bases de datos de secuencias de aminoácidos.
Swissprot contiene secuencias anotadas o comentadas, es decir, cada secuencia ha sido revisada, documentada y enlazada a otras bases de datos.
Enlace externo: Swissprot en el EBI (http://www.ebi.ac.uk/swissprot/access.html), Swissprot en Expasy (http://us.expasy.org/sprot/)
TrEMBL por Translation of EMBL Nucleotide Sequence Database incluye la traducción de todas las secuencias codificantes derivadas del (EMBL-BANK) y que todavía no han podido ser anotadas en Swissprot.
Enlace externo: TrEMBL (http://www.ebi.ac.uk/trembl/)
PIR por Protein Information Resource está dividida en cuatro sub-bases que tienen un nivel de anotación decreciente.
Enlace externo: PIR (http://pir.georgetown.edu/)
ENZYME enlaza la clasificación de actividades enyimáticas completa a las secuencias de Swissprot.
Enlace externo: ENZYME (http://us.expasy.org/enzyme/)
PROSITE contiene información sobre la estructura secundaria de proteínas, familias, dominios, etc.
Enlace externo: PROSITE (http://us.expasy.org/prosite/)
INTERPRO integra la información de diversas bases de datos de estructura secundaria como PROSITE, proporcionando enlaces a otras bases de datos e información más extensa.
Enlace externo: INTERPRO (http://www.ebi.ac.uk/interpro/index.html)
PDB por Protein Data Bank es la base de datos de estructura terciaria 3-D de proteínas que han sido cristalizadas.
Enlace externo: PDB (http://www.rcsb.org/pdb/)
De genomas
Ensembl integra genomas eucariotas grandes, por el momemto contiene genoma humano, ratón, rata, fugu, zebrafish, mosquito, Drosophila, C. elegans, y C. briggsae.
Enlace externo: Ensembl (http://www.ebi.ac.uk/ensembl/index.html)
Genomes server y TIGR son portales con información y/o enlaces de todos los genomas secuenciados por el momento, desde virus a humanos.
Enlace externo: Genome Server (http://www.ebi.ac.uk/genomes/index.html)
Enlace externo: TIGR (http://www.tigr.org/)
Wormbase es el portal del genoma de gusano C. elegans.
Enlace externo: Wormbase (http://www.wormbase.org/)
Flybase es el portal de la mosca del vinagre Drosophila melanogaster.
Enlace externo: Flybase (http://flybase.bio.indiana.edu/)
Otras
Taxonomy es el portal de clasificación taxonómica de organismos
Enlace externo: Taxonomy Browser (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/)
Pubmed da acceso gratuito al índice de publicaciones de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM), con enlaces a artículos completos.
Enlace externo: PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/)
OMIM por Online Mendelian Inheritance in Man es un catálogo de genes humanos relacionados con informaciones genéticas.
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